随着食品资源的不断开发，食品品种不断增加、生产规模扩大，加工、储藏、运输等环节的增多，消费方式的多样化，使人类食物链变得异常复杂。食品安全也随着环节的多样化而增加，主要表现在以下几个方面。
微生物、寄生虫、生物毒素等生物污染 在整个生产、流通和消费过程中，都可能因为管理不善而使病原菌、寄生虫滋生及生物毒素进入食物链中。微生物及其毒素导致的传染性疾病流行，是危害人类健康的主要顽症。据世界卫生组织公布的资料显示，在过去的20年间，在实践范围内新出现的传染病已得到确认的有三十余种。此外，我国海域辽阔，海洋寄生虫及其他寄生虫种类繁多，这些自然寄生虫一旦进入人体，就会危及到个人的人生和健康安全。一些曾经得到有效控制的传染性疾病在一定范围内又有蔓延的趋势。登革热、鼠疫、脑膜炎等也在一些地区重新发生，在美日等发达国家和地区一种能够引起肠道出血的大肠杆菌也多次被发现。微生物和寄生虫污染是造成食物不安全的主要因素，也始终是各国政府和社会各界努力控制的重中之重。
环境污染 环境污染物在食品中的存在，有去自然背景和人类活动影响两方面的原因。旗帜，无机物如汞、镉、铅等重金属及放射性物质在一定程度上受到食品产地地质、地理条件影响，其危害性并不普遍，但更为常见的主要污染性因素是工业、采矿、能源、交通、城市排污及农业生产所带来的，通过环境及食物链危及人类自身的安全。有机物中的二噁英，多环芳烃、多氯联苯等工业化合物及副产品，都具有可在环境和食物链中富集的特性，对食品的安全危害性极大。防止食物受到环境变化的影响，持续改善人类自身的环境已经成为社会和政府的主要课题。
营养不平衡 营养不平衡就其涉及的人群之多之广也成为现代社会要预防的一个主要课题，特别是发达国家呈逐年上升的趋势，我国的的膳食营养平衡问题也逐年增加。由于现代生活节奏和习惯的变化，人类摄入过量的能量、脂肪、蛋白、糖盐和低摄入膳食纤维、某些矿物质等，近年来，高血压、糖尿病、肥胖症、冠心病等称之为“富贵病”的发病率和发病人群都呈增长趋势。食物供应充足，但饮食不平衡同样也带来诸多的社会问题，已成为饮食安全的第三大隐形杀手。
农药与兽药 残留农药、兽药、饲料添加剂对食品安全产生的影响，以成为近年来人们关注的焦点。在美国。由于消费者的强烈反对，35种有潜在的致癌性农药已经列入禁用的行列。我国虽有机农药虽然于1983年已经停止生产和使用，但由于有机氯农药化学性质稳定，不易降解，在食物链、环境和人体中可长期残留，目前许多食品中任有较高检出量。随之代替的有机磷类、氨基甲酸酯类、拟除虫菊酯类农药，虽然残留期短、用量少、易于降解，但农药生产中滥用农药，导致害虫抗药性增强，这又使人们加大农药量，并采用多种农药交替使用的办法进行农业生产。这样恶性循环，对食品安全性以及人类健康构成了很大的威胁。为预防和治疗家禽、家畜、鱼类的疾病，促进生长，大量投入抗生素、磺胺和激素等药物，造成了动物性食品中的药物残留，尤其在饲养后去、宰杀前期使用，药物残留更为严重。一些研究者认为，动物性食品中的致病性大肠杆菌可能正好是由于滥用抗生素导致的，同时也是导致人类使用抗生素疗效越来越差的一个致命因素。
食品添加剂 为了有助于加工、包装、运输、储藏过程中保持食品的营养成分，增强食品的感官性状，适当使用一些添加剂是必要的。但要求使用量控制在最低的有效量的水平。否则会给食品带来毒性，影响食品的安全性，危害公众健康。食品添加剂对人体的毒性概括起来有致癌性、致畸性和致突变性。这些毒性的共同特点是要经历长时间才能显露出来。如动物实验表明甜精能引起肝癌、肝肿瘤、尿道结石等。
食品加工、储藏和包装过程 食品烹饪过程中因高温而产生的多环芳烃、杂环胺都是毒性极强的致癌物质。食品加工中使用的管道、锅、白铁管、塑料管、橡胶管、铝制容器及各种包装材料等，也有可能将有毒物质带入食品。例如，使用陶瓷器皿盛装酸性食物的时候，其表面釉料中所含的铅、镉、锑等颜能溶解出来；不锈钢器皿盛放酸性食品，时间长了也能溶出其中的铬、镍等金属元素。
新型食品和其他 随着生物技术的发展，转基因作物和食品大量进入食品消费市场，如转基因大豆、番薯、玉米、马铃薯等。转基因农产品因为其产量高，防虫防害，生长环境适应性更强等优点得到了大量的推广。但转基因产品可能因为其携带的一些抗生素基因而导致动物和人类出现抗药性，抗昆虫农作物体内的蛋白酶抑制剂和残留的抗昆虫毒素则可能直接导致危害人体健康等。所以在欧洲，一些国家明确规定转基因食品必须予以标明。
同时我们还注意到近年来保健食品的盛行也逐步影响到人类的一些习惯和生活，保健食品的随意滥用也会导致非受众群体的健康危害，保健食品是介于食品与药品之间的产品，由于其使用必须符合其适应的症候群体，很多人过度使用保健食品不仅不能带来健康反而会危害健康。
综上所述，食品安全因素可能产生于人类的食物链的不同环节。其中的某些有害物质或成分，特别是人工合成的化学品，可因生物富集作用而使处在食物链顶端的人类受到高浓度的读物危害。研究和控制食物链不同环节中的不安全因素及其可引发的食品风险，掌握其发生发展规律，是有效控制食品风险提高食品的前提和条件。
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